关于质谱exosome or EVs的marker

子非鱼

seallin 发表于 2016-5-5 14:07
我一般是用PEG8000或者PEG10000，第一次得到的沉淀中加入1mL PBS，千万不要晃，这样重复两次，以去除管壁 ...

很详细，很感谢！！！我提取细胞外泌体就按这个protocol了（看到“过夜“俩字，直觉是细胞配液的提取方法）；
另外，您提取过血清exosome吗？洗涤用多少PBS？

微泡biomarker

seallin 发表于 2016-4-24 15:41
我是专门做质谱的，回答这个问题主要分两点：
1、外泌体的提取。这个很关键，因为外泌体在培养液里，一般质 ...

您好：  感谢您的回复，我们现在一般质谱样本制备的方式都是FASP 酶解，溶液体系是碳酸氢铵。加DTT 和IAA 最后是酶。

seallin

子非鱼 发表于 2016-5-5 15:46
很详细，很感谢！！！我提取细胞外泌体就按这个protocol了（看到“过夜“俩字，直觉是细胞配液的提取方法 ...

血清其实就是将培养液浓缩10倍的东东，差不多，由于血清量一般比较少，所以清洗次数差不多就行，量最好不要减少，毕竟血清蛋白浓度极高。告诉你一个诀窍，由于酚红和蛋白之间存在疏水相互作用，因此可以用酚红的颜色程度来判断血清蛋白的污染，一般二次沉淀之后，是不会有蛋白残留的，只有外泌体，所以如果沉淀是雪白色的，那就说明比较纯了。如果带一点浅黄甚至棕色，那肯定没洗干净。这些东西，我肯定不会写在文章里的，文章最近发表在Analyst上，到时候多多引用哦~~

seallin

微泡biomarker 发表于 2016-5-5 15:57
您好：  感谢您的回复，我们现在一般质谱样本制备的方式都是FASP 酶解，溶液体系是碳酸氢铵。加DTT 和IAA ...

没错，FASP对于去燥效果特别好。兼容含NP40和SDS体系，我也是推荐用这个。另外PEG沉淀法不可避免的会引入PEG的干扰，所以FASP比较合适。后续的变性还原烷基化步骤，正如你所说，你说的很正确。

子非鱼

seallin 发表于 2016-5-5 16:33
血清其实就是将培养液浓缩10倍的东东，差不多，由于血清量一般比较少，所以清洗次数差不多就行，量最好不 ...

太好啦~~祝贺您！！之前还在想跟您要paper之类的...可以把您的paper发过来或者paper链接也行，我想学习学习！我邮箱：jokololo@163.com
Ps：血清exo用SBI提取后就是淡黄色的，所以铁定是不纯的了，多谢您的指点！！

seallin

子非鱼 发表于 2016-5-5 16:43
太好啦~~祝贺您！！之前还在想跟您要paper之类的...可以把您的paper发过来或者paper链接也行，我想学习学 ...

不用客气，大家共同提高，文章才刚刚接收，还没出来呢，等出版了再发给你哈。有蛋白组学、质谱方面的问题可以联系我

微泡biomarker

seallin 发表于 2016-5-5 16:33
血清其实就是将培养液浓缩10倍的东东，差不多，由于血清量一般比较少，所以清洗次数差不多就行，量最好不 ...

能不能分享一下 文章的题目啊

子非鱼

seallin 发表于 2016-5-5 16:51
不用客气，大家共同提高，文章才刚刚接收，还没出来呢，等出版了再发给你哈。有蛋白组学、质谱方面的问题 ...

大神啊~~那文章出版了别忘记发给我；我先分析我的数据，有问题还真得向您请教！

子非鱼

seallin 发表于 2016-5-5 16:51
不用客气，大家共同提高，文章才刚刚接收，还没出来呢，等出版了再发给你哈。有蛋白组学、质谱方面的问题 ...

请问，有没有什么软件可将蛋白gi号批量转换为GeneID和gene symbol的？

seallin

子非鱼 发表于 2016-5-5 22:27
大神，问题来了：，我的质谱数据是一堆Accession number（蛋白gi号）和蛋白或多肽全称，我想把它 ...

很多网站是可以转化的，比如uniprot.org