請問exosome進行NGS測序，如何避免ribosome contamination？

memorywind

想請問關於收exosome進行NGS測序的問題，最近利用兩種方式收集exosome：SIGMA的kit和超高速離心，可是送去NGS測序前的QC都沒過，說是ribosome contamination．爬帖看到有人也是一樣有這問題，而且看到有人分享說蛋白組分析的data顯示exosome會有ribosome的存在，且部分測序結果確實有ribosome序列．想請問是不是有人可以分享，如何避免ribosome contamination，或是降低ribosome contamination？謝謝．

hzangs

和一两个测序公司的技术和销售聊过这个问题。 他们普遍反映 外泌体RNA测序会测到10%-20%的ribosome序列，这个正常。 如果不想要ribosome序列 可以用去除ribosome RNA的kit。  个人认为没必要去除。直接测就行。

张宏道

你是做small RNA seq？

memorywind

张宏道 发表于 2017-4-28 16:00
你是做small RNA seq？

不只small RNA seq，我打算要看microRNA和lncRNA，可是用bioanalyzer(針對small RNA)和caliper(針對total RNA)進行QC，皆顯示ribosome contamination (測到18S和28S的peak)，所以對方請我們重新收集樣品再進行QC和NGS。

张宏道

memorywind 发表于 2017-4-28 16:30
不只small RNA seq，我打算要看microRNA和lncRNA，可是用bioanalyzer(針對small RNA)和caliper(針對total ...

最近一篇文章提到细胞分泌的外泌体，如果使用密度梯度离心的方法，可以提取到两大类差别很大的囊泡。一类中主要是较小片段的RNA，另一类里面则包含丰富的28s和18s RNA。所以，如果你想测序的话，建议提取方法上面可以做些改变。或者去除rRNA吧。

Peter_chen

张宏道 发表于 2017-5-9 16:37
最近一篇文章提到细胞分泌的外泌体，如果使用密度梯度离心的方法，可以提取到两大类差别很大的囊泡。一类 ...

能否告知下是哪篇文献提及到这个现象呢，十分感谢

张宏道

Peter_chen 发表于 2017-5-19 09:22
能否告知下是哪篇文献提及到这个现象呢，十分感谢

Two distinct extracellular RNA signatures released by a single cell type identified by microarray and next-generation sequencing
大牛Jan Lotvall发表的文章。

Peter_chen

张宏道 发表于 2017-5-22 09:24
Two distinct extracellular RNA signatures released by a single cell type identified by microarray  ...

找到了，十分感谢分享。

531423028

hzangs 发表于 2017-4-27 15:35
和一两个测序公司的技术和销售聊过这个问题。 他们普遍反映 外泌体RNA测序会测到10%-20%的ribosome序列，这 ...

你好，我想问一下有rRNA污染的话多后续结果分析有影响么？你说的这个有少量rRNA没必要去除有没有相关文献的支持？

exosomes1

如果样品量大的话，自己切胶纯化小片段