外泌体small RNA组成、含量占，以及建库

王韦jiayou

最近在做外泌体small RNA的研究，通过NGS测序的方式进行。信息分析结果发现外泌体small RNA的组成跟常规组织不同，比对不到的small RNA组成占比较大，有50％以上。正常small RNA的测序结果都是21-22nt、24nt长度的reads较多，但我的结果是31-32nt长度的较多。不知道啥情况？是本身外泌体small RNA的成分就这样？还是NGS建库方法不合适？求做过的大神指导啊！！！

ps：比对不上，是指比对不到miRNA、rRNA、tRNA、novel miRNA等。

王韦jiayou

有木有大神在论坛的噢，给解答一下哈～～～

王韦jiayou

gaocunyi 发表于 2016-9-12 17:37
楼主，你好，最近我做出来的结果和你基本一样，这个31-32nt较多的问题解决了吗？ ...

我做了好几个不同类型样本，都是这样的结果。发现这些reads主要是比对到一些repeat、other，怀疑外泌体里的片段本来就都是一些降解的片段。这个从外泌体样本的2100检测结果也能看出来。
可以再找一些文献验证一下。

王韦jiayou

张宏道 发表于 2016-8-26 16:40
你是什么建库方法，用的RNA量是多少？

几十ng的外泌体RNA，用专门的small RNA建库盒子就行