关于exosome microRNAs能不能用U6作为内参的问题

Johnny

关于exosome microRNAs能不能用U6作为内参的问题


U6是一种核小RNA(snRNA)。


细胞内有核小RNA(small nuclearRNA，snRNA)。它是真核生物转录后加工过程中RNA剪接体（spliceosome）的主要成分，参与mRNA前体的加工过程。其长度在哺乳动物中约为100-215个核苷酸，共分为7类，由于含U丰富，故编号为U1~U7。snRNA只存在于细胞核中，其中U3存在于核仁中，其他6中存在于非核仁区的核液里。除U6由RNA聚合酶Ⅲ转录外，其它的snRNA都是由RNA聚合酶Ⅱ催化转录的，具有修饰的碱基，并在5‘末端有一个三甲基鸟苷酸（TMG）的类似”帽“结构，3’末端有自身抗体识别的Sm抗原结合的保守序列。


所以 能用U6作为exosome microRNAs的内参吗？


。。。应该是不能。

hzangs

楼主拿到的应该是一些维基百科或者百度百科的介绍吧， 理论上讲 snRNA确实是存在于核中的（其实从名字上就能来出来嘛，叫做核内小RNA）。
但是由于snRNA属于小片段RNA ，以它的大小 是可以做到遍在分布的。

单靠这个概念，还是没有办法说能或者不能的。只有通过一定的实验去验证，考察不同背景细胞exosomes内的U6是否处于一个相对一致的水平。 个人认为 考虑到paper里有用U6做内参的，我们还可以暂且拿U6做为一个参考，毕竟 目前对U6的认识看，它很可能是被随机包裹进exosomes，这样的随机过程还是可以保证它作为内参时的准确性的。

yy8651

这么说来U6应该不存在于exosome中呢，但是文献中都有检测到U6，如何解释？
另外，比较公认的内参是什么？
必须要用外参吗？

jp3266726

看到有的paper用miR-12做内参

liuwf0716

jp3266726 发表于 2015-10-21 21:01
看到有的paper用miR-12做内参

方便把文章发一下吗？

jp3266726

liuwf0716 发表于 2015-10-21 23:34
方便把文章发一下吗？

miR- 200- containing extracellular vesicles promote breast cancer cell metastasis

曼珠沙华002

有文献中说miR-16可以做exosomes的内参。

Johnny

曼珠沙华002 发表于 2015-11-10 20:17
有文献中说miR-16可以做exosomes的内参。

那篇文献？  用miR-16有什么依据吗？

一路前行2018

文献：Breast-cancer-secreted ​miR-122 reprograms ​glucose metabolism in premetastatic niche to promote metastasis
The ​miR-122, miR-16 (as internal control for vesicular ​miR-122) and U6 primers (as internal control for intracellular ​miR-122) were purchased from Qiagen.